Российские ученые создали новый сборщик для чтения геномов микробных сообществ

Российские ученые создали новый сборщик для чтения геномов микробных сообществ

Сотрудники СПбГУ совместно с американскими учеными разработали новый метод сборки образцов ДНК микробных сообществ, который поможет в решении широкого круга фундаментальных задач. Об этом сообщает престижный научный журнал Nature Methods.

Новый метод — сборщик metaFlye, созданный учеными лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ, собирает образцы ДНК микробных сообществ, что в будущем даст возможность контролировать процесс лечения человека и даже создавать новые лекарства. В настоящее время для изучения ДНК используют секвенаторы, которые не могут анализировать геном полностью, от начала до конца. Анализ генома происходит посредством короткого прочтения отдельных фрагментов, после чего короткие прочтения соединяют в длинные, что представляет собой крайне сложную вычислительную задачу. Выполнять это – задача геномных сборщиков.

Ученые уже используют несколько десятков различных сборщиков, которые применяют для анализа данных различных организмов. Разработанный сборщик metaFlye предназначен для таких данных, которые получают по технологии секвенирования длинными прочтениями. Его используют при сборке образцов ДНК микробных сообществ из глубин океана, почвы в парке, а также из кишечника человека. При помощи такого сборщика можно выяснить, чем организмы могут питаться, как взаимодействуют и какие синтезируют вещества. Все эти сведения в дальнейшем можно использовать, например, для поиска новых лекарственных средств природного происхождения или для проверки хода лечения человека.

Новый продукт metaFlye — первый специализированный сборщик для метагеномов, работающий с технологиями Oxford Nanopore и PacBio.

Самые свежие новости медицины на нашей странице в Вконтакте

Оставить комментарий

Вы можете использовать HTML тэги: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>